Кумандинцы и их ближайшие соседи челканцы, шорцы и тубалары произошли, как считают ученые, в результате активного проникновения в предгорные и горно-таежные районы Северного Алтая тюркоязычного населения. Носители скотоводческих традиций смешались с аборигенными группами, которые занимались преимущественно охотой и собирательством. Археологические раскопки подтверждают эту научную теорию. Так, например, в памятниках средневековой сростинской культуры на Алтае встречаются массовые находки каменных зернотерок, аналогичных кумандинским изделиям. Проживание кумандинцев на этой территории в начале XVIII в. зафиксировано на картах С. Ремизова, где Верхняя Куманда, Нижняя Куманда и просто Куманда отмечены по правую сторону от реки Бии. По материалам ясачной документации XVII–XVIII вв., проанализированной Б.О. Долгих, кумандинские волости также локализуются в Верховьях реки Бии и ее притоках.

Кумандинцы активно взаимодействовали с их ближайшими соседями – телеутами, шорцами, челканцами и тубаларами. У кумандинцев зафиксированы следующие экзогамные родовые объединения-сеоки: куманды/кубанды, со/солу, тастар, тоон, чабат/шабат, оре-куманды, алтына-куманды, челей, чедыбер, калар, тюбюне-куманды, кузен, керсагал и тонгул. При этом сеоки кузен, тоон и тастар имеются и у тубаларов, сеоки чедыбер и тонгул имеются также у телеутов, а калар и челей – это сеоки шорского происхождения. Смешение кумандинцев и телеутов происходило на Нижней Катуни, Чарыше и Ануе, где они проживали совместно в XVII–XVIII вв. Южная часть Салаира и междуречья Бии, Чумыша и Кондомы являлась зоной контактов кумандинцев с челканцами, телеутами и шорцами.

На протяжении последних двух веков аборигенное население Северного Алтая, в том числе и кумандинцы, активно взаимодействовало с пришлым восточнославянским населением, численность которого постоянно возрастала. В начале XX в. кумандинцы, испытавшие наибольшее влияние русской крестьянской колонизации предгорий Северного Алтая, оказались этническим меньшинством. По степени вовлеченности в русскую крестьянскую культуру аборигенное население в начале XX в. стало подразделяться на кочевых инородцев, сохранявших традиционный уклад жизни, и оседлых инородцев, перешедших к оседло-земледельческому образу жизни. Изменению традиционного уклада и образа жизни кумандинцев способствовали также значительные группы казачества, проживавшие до середины XIX века в пределах кумандинских волостей, различные группы старообрядцев и мещане из г. Бийска. В период Столыпинской аграрной реформы переселение крестьян в кумандинские волости окончательно изменило этнический и хозяйственной облик предгорий Алтая. Процессы культурного и языкового сближения кумандинцев с доминирующим иноэтничным окружением усилились c 1930-х гг. в ходе общих для страны процессов коллективизации и последовавшего затем укрупнения хозяйственных единиц. К концу XX в. образ жизни кумандинцев и их материальная культура сильно сблизились с культурой и хозяйственной деятельностью местного русского населения.